Barnakór Seltjarnarneskirkju er lítill kór sem starfað hefur við kirkjuna frá árinu 2018. Í kórnum eru börn úr 3.-7.bekk og eru æfingar einu sinni í viku. Kórinn syngur reglulega á tónleikum og í messum í Seltjarnarneskirkju. Einnig hefur hann komið fram á Söngvahátíð barnanna síðustu fimm ár og syngur reglulega í útvarpsmessu. Stjórnendur kórsins eru Þorsteinn Freyr Sigurðsson og María Konráðsdóttir.